南方熊楠関連の文章を集積するにあたって、「文献一覧」（『南方熊楠 人と思想』,平凡社）、『南方熊楠百話』（飯倉照平・長谷川興蔵編,八坂書房）、中瀬喜陽「南方熊楠未収録文献目録」（『くちくまの』83号）、吉川公二「熊楠フォーラム所蔵文献リスト」、豊田啓一「南方熊楠関係書籍蒐集目録」、日外アソシエーツ・論文データーを参考にした。また、南方熊楠旧邸、南方熊楠記念館、南方熊楠邸保存顕彰会事務局、田辺市図書館所蔵の書籍、雑誌等についても同様に参考にした。なお、飯倉照平、小笠原謙三、樫山茂樹、後藤正人、武内善信、中沢新一、中瀬喜陽、仁科悟朗、松居竜五、松本三喜夫、吉川公二、吉川寿洋の諸氏には直接ご教示を得た。目録作成にあたってはなるべく各文章に直接あたるようにしたが、若干の文章については確認できなかったものもある。今後は、ホームページの作成などによって、データーの公開も準備したいと考えている。
なお、今回、約2500件あまりのデーターが集積された。戦前については今後さらなる調査により、件数が増えることを考え、今号には1980年から1997年の約1700件だけを扱うことにした。このデーターに洩れている文章も当然あると推測される。今後はこうした補遺もおこなう予定である。（なお、新聞掲載記事についてはその内容により、取捨選択した。）
配列は、原則として執筆者五十音順とし、各執筆者内で年月順とした。座談会・対談は年月順とし、出席者は五十音順とした。なお、各項目は、書籍名ならびに論文名,初出雑誌・新聞名,号数,発行年,頁数,出版社,収録書籍、の順となっている。
ウェブサイトでの公開に際しての付記 (2002. 8. 8)：
本文献目録は、『熊楠研究』第１号 (1999年2月刊) に掲載発表されました。この種の目録の常で、本目録にも遺漏が少なくないものと思われます。本目録に収録されるべき文献でその名がここに見えないものをご存じの方は、編者または当研究会までご教示いただければ幸いです。