校区は田辺市の東に位置し、左会津川に沿って上・中万呂地区の会津小学校区と、三栖、上野地区の三栖小学校区からなる。

近年、市街地の拡大に伴い万呂地域は新興住宅地として発展し、その波は三栖地域にも広まり、城山台をはじめとした大規模な開発が進んでいる。

三栖地域は梅を中心に果樹の栽培が大変盛んであり、とりわけ２月から３月にかけては学校周辺も梅花で白一色に染まる。

現在生徒数は２６７名、学級数は９（含む障害児学級１）で、当地方では中規模の学校である。